Die IHK als Selbstverwaltungsorganisation der regionalen Wirtschaft ist entscheidend durch das Ehrenamt geprägt. Dadurch erfährt die IHK die notwendige Rückkopplung zur Unternehmerschaft. Die Vollversammlung, das "Parlament der Wirtschaft", ist das oberste Organ der IHK. Die Vollversammlung wird alle fünf Jahre von den Mitgliedern gewählt, die aktuelle Amtszeit reicht von 2008 bis 2013. Die Vollversammlung ist zuständig für alle Angelegenheiten von grundsätzlicher Bedeutung, insbesondere erlässt sie die eigenen Rechtsvorschriften der IHK, beschließt den Haushalt und legt Beiträge und Gebühren fest. Wahlberechtigt zur Wahl der Vollversammlung sind, unabhängig von der Staatsangehörigkeit, alle Zugehörigen einer IHK. Damit ist garantiert, dass die Unternehmer ihre IHK in Selbstverwaltung und Eigenverantwortung tragen.

Die Vollversammlung wählt aus ihrer Mitte Präsident und Präsidium der IHK. Die Vollversammlung bestellt auch den Hauptgeschäftsführer. Präsident und Hauptgeschäftsführer vertreten gemeinsam die IHK nach außen. Dies ist Ausdruck der engen Verzahnung zwischen Unternehmerschaft und Geschäftsführung, zwischen Ehren- und Hauptamt der IHK.

Als örtliche Untergliederungen der IHK bestehen regionale Gremien der IHK Niederbayern in Deggendorf, Dingolfing-Landau, Freyung-Grafenau, Landshut, Regen, Rottal-Inn und Straubing. Neben dieser regionalen Struktur haben sich auf fachlicher Ebene unterschiedliche Ausschüsse gebildet. Gremien wie Ausschüsse stehen Vollversammlung, Präsidium und Geschäftsleitung beratend zur Seite.

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